این سازمان یکی از سازمان‌های تخصصی است که اگرچه وابسته به سازمان ملل محسوب نمی‌شود ولی کاملا با سازمان ملل مرتبط است. با این حال آژانس در بررسی وضعیت کشورها در حوزه هسته‌ای نمی‌تواند رویکرد سیاسی اتخاذ کند چرا که برخلاف اساسنامه این سازمان است.
براساس اصولی که آژانس بر مبنای آن تشکیل شده، تمام کشورها حق فعالیت صلح‌آمیز انرژی هسته‌ای را دارند و حتی به موجب قرارداد NPT، کشورهای دارای تکنولوژی هسته‌ای موظف هستند به کشورهایی که دارای توانایی هسته‌ای نیستند کمک‌های فنی ارائه کنند و در این راستا آژانس انرژی اتمی باید مراقبت کند که این کمک‌ها ارائه شود تا فعالیت‌های صلح‌آمیز هسته‌ای به‌عنوان حق مسلم کشورها احقاق شود. بنابراین نقض این تعهدات زمانی رخ می‌دهد که با گزارش‌های متقن فنی و کارشناسی‌شده، آژانس بتواند ثابت کند که فعالیت‌های یک کشور از مسیر صلح‌آمیز به غیرصلح‌آمیز تغییر یافته باشد.
اما درخصوص موضوع پرونده هسته‌ای ایران باید گفت که به‌رغم همکاری بسیار بالای مقامات ایرانی، گزارش‌های منتشر شده از سوی دبیرکل آژانس بین‌المللی انرژی اتمی رنگ و بویی سیاسی یافته که حاکی از فشار‌های غرب به آمانو جهت ارائه گزارشی غیرواقعی و متضمن منافع آمریکا در قبال ایران است که در دراز مدت اعتبار فنی و کارشناسی آژانس را نزد جهانیان کاهش خواهد داد.
از سوی دیگر، یکی از مسائلی که ایران در رابطه خود با آژانس بین‌المللی انرژی اتمی می‌تواند مورد توجه و بهره‌برداری قرار دهد، موضوع خلع سلاح هسته‌ای است که در کنار 2 اصل منع گسترش تسلیحات اتمی و استفاده صلح آمیز از انرژی هسته‌ای، جزو اصول اصلی و تشکیل‌دهنده NPT است.
از این‌رو باید گفت که NPT خود قرارداد منع گسترش تسلیحات اتمی در دنیاست. وقتی که در سال 1968 قرارداد NPT مصوب شد، در آن برهه قرار شد کشورها به‌صورت یک بسته به اصول NPT بنگرند که در واقع یکی از مهم‌ترین آنها بحث خلع سلاح جهانی بود اما مسئله‌ای که پیش آمد این بود که 5کشور دارای تسلیحات هسته‌ای یعنی آمریکا، روسیه، چین، انگلیس و فرانسه که در آن زمان به‌عنوان کشورهای دارنده تسلیحات هسته‌ای در NPT به رسمیت شناخته شدند، هیچ وقت حاضر نشدند دربرابر تعهد خلع سلاح هسته‌ای خود عمل کنند.
جمهوری اسلامی ایران از طریق NPT می‌تواند به کشورهای دشمن و رقیب خود مانند رژیم صهیونیستی از 2 جهت فشار وارد کند؛ اول اینکه رژیم صهیونیستی و بسیاری از کشورهای دیگر تاکنون NPT را امضا نکرده‌اند. ایران می‌تواند این موضوع را نوعی رفتار دوگانه قلمداد کند و از طریق NPT به این کشورها و حامیان آنها فشار وارد کند تا به این معاهده بین‌المللی بپیوندند. دوم اینکه ایران می‌تواند از طریق تأکید بر اصل خلع سلاح عمومی هسته‌ای درNPT به‌خصوص در منطقه خاورمیانه بر کشورهای رقیب و دشمن مثل رژیم صهیونیستی فشار وارد کند. طرح موضوع خلع سلاح عمومی نقطه امتیاز ایران است و بسیاری از کشورهای منطقه و جهان با ایران در این زمینه هم نظر هستند. تأکید بر این اصل مغفول NPT می‌تواند امتیازاتی برای ایران به همراه داشته باشد.
حال با گذشت چند دهه از تصویب قرارداد NPT شاهدیم که یکی از مهم‌ترین اصول آن، یعنی خلع سلاح از سوی کشورهای قدرتمند زیر پا نهاده شده و آژانس بین‌المللی انرژی اتمی که روزی با هدف گسترش اتم برای صلح میان جهانیان پایه‌ریزی شد، تبدیل به پایگاهی برای فشار به کشورهای مخالف سیاست‌های غرب شده است.این بازی سیاست در روزگار ماست.
